아주 평범한 동네, '진달래 마을'에 사는 엄청 평범한 초등학교 5학년 민호는 어느 여름 날 기묘하고 하얀 생물인 '위스퍼'와 만나게 된다. 민호를 따라다니던 위스퍼는 신기한 시계 '요괴워치'를 민호에게 건네고… 그 날부터 마을 곳곳에 나타나는 요괴들이 보이기 시작하게 된다! 일상생활에 벌어지는 곤란한 사건의 모든 것은 요괴가 원인이다?! 민호는 사건을 일으키는 요괴들을 설득하며 때때로는 싸워 사건을 해결한다. 그리고 요괴들과 친구가 된다! 오늘은 또 어떤 새로운 요괴를 만나게 될까?
어느 날 소녀가 어릴 때부터 소중히 써왔던 색연필에서 코코밍이 태어난다.그 후 피아노, 책, 텔레비전, 화장품 등에서 코코밍들이 생겨나는데, 코코밍은 인간에게 모습을 들키면 원래의 물건으로 되돌아가야 한다는 규칙이 있다.과연 코코밍들은 사람들 눈에 띄지 않고 지낼 수 있을까?
주인공 보노보노는 너무도 당연한 현상에 대해 특유의 느린 사고방식과 행동으로 주변을 답답하게도 하며 근원적인 질문을 던져 주변을 난처하게도 합니다.포로리는 너부리에게 늘 괴롭힘을 당하지만 절대 의기소침해지지 않고 빈틈이 없습니다.너부리는 늘 보노보노와 포로리를 구박하지만 언제나 두 친구에게 무슨 일이 생기면 즉시 도와주는 마음씨 따뜻한 친구입니다.‘안녕 보노보노’는 세 친구가 펼쳐가는 느리지만 따뜻한 숲 속 이야기 입니다.